دپارتمان قلب کودکان مرکز قلب و عروق شهید رجائی اولین مرکز تشخیص و درمان بیماریهای قلبی کودکان و نوجوانان در کشور بوده که در سال 1353 همزمان با تأسیس مرکز شروع بکار نموده و از آنزمان تاکنون همواره پیشگام در ارائه خدمات آموزشی ، درمانی ، تحقیقاتی و بزرگترین مرکز ارجاعی کشور برای بیماریهای قلبی کودکان و نوجوانان می باشد.
در حال حاضر این بخش با 140تخت بستری و درمانگاههای سر پایی که همه روزه صبح و عصر فعال می باشند و آمار تقریبی سالانه 20000 پذیرش در درمانگاه ، 2700 مورد بستری ،1800 مورد انجام آنژیوگرافی و کاتتریسم ،550 مورد انجام اینترونشن قلبی و 1200 مورد عمل جراحی قلب ، بزرگترین و مجهزترین مرکز ارائه کننده خدمات قلبی به کودکان کشور می باشد  .

واحد های مختلف دپارتمان قلب کودکان به شرح زیر میباشد :

1- واحد آزمایشگاه و کاتتریسم (cath lab) مجهز به 2 دستگاه پیشرفته آنژیوگرافی
2- واحد اکوکاردیوگرافی مجهز به 3 دستگاه اکوکاردیوگرافی پیشرفته مختص انجام اکوکاردیوگرافی از طریق مری و  اکوکاردیوگرافی جنین و 4 دستگاه اکوکاردیوگرافی مستقر در بخش های مراقبت ویژه  و 4 دستگاه مستقر در درمانگاه .
3- واحد الکتروفیزیولوژی قلب و تست ورزش کودکان
4- بخش های بستری عادی با ظرفیت 88 تخت
5- بخش های مراقبت ویژه با ظرفیت 24تخت
6- بخش های  مراقبت ویژه پس از جراحی قلب با ظرفیت 24تخت .